محیط کشت جامد
در روزهای اول، جداسازی باکتری ها برای تهیه کشت خالص در محیط کشت مایع بسیار دشوار بود. غالباً هرگونه تلاش برای تهیه کشت خالص با استفاده از کشت های مایع به دلیل اقدامات کند و خسته کننده باعث آلودگی می شود. بنابراین نیاز به یک محیط جامد وجود داشت که با افزودن ماده ژل کننده به آب مایع به دست آمد. اولین ماده ژل مورد استفاده ژلاتین توسط رابرت کچ در سال ۱۸۸۱ برای تهیه یک ماده جامد بود.

مشکلات استفاده از ژلاتین در کشت مایع
اما از آنجا که ژلاتین داخل محیط کشت جامد در دمای حدود ۳۵ درجه سانتیگراد ذوب می شود و توسط باکتری ها هضم می شود استفاده از آن با مشکل روبرو شد. این مشکلات منجر به کشف یک آگار عامل ژل جایگزین شد. آنجلینا فانی ایلشموس، همسر والتفر هسه، همکار كوچ، ابتدا استفاده از آگار را به عنوان جانشینی برای تهیه كشت محیط جامد پیشنهاد داد. به تدریج مزایای مختلف آگار باعث شده است که این ماده در محیط کشتجامد در بین دانشمندان بسیار پرطرفدار شود زیرا در طیف وسیعی از دما (در دمای ۳۲ درجه سانتیگراد تا ۴۲ درجه سانتیگراد، در دمای ۸۵ درجه سانتیگراد ذوب شده) پایدار است و بنابراین برای رشد موجودات مزوفیلی مناسب است.

ویژگی های خوب آگار به عنوان جامد کننده

بعلاوه آگار داخل محیط کشت جامد هیچ اثر سمی بر باکتریها ندارد. از ویژگیهای انتشار خوبی برخوردار است و توسط بیشتر باکتریها هضم نمی شود. همچنین به نظر می رسد آگار وضوح خوبی دارد و از نظر متابولیکی بی اثر است. اما از دیدگاه دیگر، آگار برای کشت میکروبهای گرمازا مناسب نیست و PCR را به روش وابسته به غلظت مهار می کند. علاوه بر این هزینه بالای آگار کار تحقیقاتی را بسیار گران ساخته و به دلیل استفاده زیاد آن در آزمایشگاه ها، منابع طبیعی آگار (یعنی Gelidium sp. ، Gracillaria sp. و Pterocladia sp.) بیش از حد مورد بهره برداری قرار گرفته و جامعه علمی را دچار مشکل ساخته است. برای جستجوی برخی منابع جایگزین دیگر از عوامل ژل سازی برای محیط کشت جامد استفاده کنید.